Аверкий Стефанович (Степанович) Кириллов, с именем которого чаще всего связывается усадебный комплекс на Берсеневской набережной, стал его владельцем, по-видимому, в пятидесятые годы XVII века. В отличие от своих предков, он известен не только и не столько как садовник, сколько как крупный купец-предприниматель — “московский гость”, а позже как государственный деятель. Он был владельцем многочисленных лавок в Москве и других русских городах, имел соляные варницы в Соли Камской, ему принадлежало немало земель и деревень. Впоследствии царь Алексей Михайлович пожаловал А.С.Кириллову чин думного дьяка. Кириллов возглавлял приказы Большой казны, Большого прихода, управлял Казенным приказом и приказом Большого дворца. В его руках находились управление финансами, торговлей и промышленности страны.

В 1657 г. Аверкий Кириллов произвел очередную перестройку принадлежавших ему палат. Восточный фасад здания украсился нарядным красным крыльцом с двойными арками на кувшинообразных столбах.

Храм построен в 1656-1657 гг. на месте деревянной Никольской церкви, как домовая церковь Аверкия Кириллова, заведовавшего царскими садами. Название храм получил по имени боярина Ивана Никитича Берсеня-Беклемишева, которому в царствование Ивана III было поручено наблюдение за ночной заставой у Большого Каменного моста.

По своему типу это бесстолпный трехапсидный пятикупольный храм, завершенный двумя рядами кокошников, перекрытых по закомарам. С северной стороны к основному объему примыкает трапезная с крыльцом на столбах-кубышках, поддерживающих двойные арки с гирькой. Бочкообразная кровля этого крыльца не имеет аналогии в каменном зодчестве Москвы и поэтому может считаться уникальной.

В 1930 г. церковь закрыли. В 1932 г. снесли колокольню, выстроенную в середине XIX в.

Звонница